সুনির্দিষ্ট কোনো খাতে দান করলে সেটা সে খাতেই ব্যয় করে থাকে জনতা ফাউন্ডেশন। আর সাধারণ তহবিলের অর্থ ফাউন্ডেশন পরিচালিত সকল কল্যানমূলক কার্যক্রমের জন্য উন্মুক্ত থাকে এবং আস-সুন্নাহ’র দীনি শিক্ষা, মানব সেবা ও দাওয়াহমূলক যাবতীয় উদ্যোগ পরিচালনায়ও এই খাতের অর্থ ব্যয় করা হয়।